《云南中医学院学报》为中国科技核心期刊,是由云南中医学院主办的公开发行的综合性中医药学术期刊，创刊于1978年3月，是我省较早公开出版发行的高校学报之一。《云南中医学院学报》主要反映我院及全国中医药科研、医疗、教学等方面的新成果、新信息，并突出中医药学术特色。
本刊自创刊以来一直按时出版和发行，截至2003年12月，共发表学术论文2988篇，约864万字，作者有省内外及国外的作者，读者则遍及全国各省地（包括香港、澳门、台湾等地区）和美国、加拿大、朝鲜、韩国、日本、泰国、马来西亚、新加坡等国家和地区；本刊为国内外了解云南和云南中医学院、了解国内中医药科研新动向提供了窗口，为促进国内外、省内外的中医药学术交流，传播中医药学术信息，培养中医药人才，提高教学质量，发展祖国医学，发挥了积极的作用。
学院学报的发展经历了28年的历程。其发展概况如下：
1978年3月，省委宣传部下达云宣发（1978）8号文件，正式批准我院创办《云南中医学院学报》，规定《学报》性质为中医药学术刊物（季刊）。当月，《学报》创刊号正式出版，它是“文革”后创刊或复刊较早的中医药期刊和云南省高等学校自然科学学报，也是历史上第一家公开发行的中医药学术期刊。
1978年5月，我院党的核心小组下发党字号文件，成立云南中医学院学报第一届编委会，主任委员欧阳平关，副主任委员梁学仁，委员10人，下设学报编辑组，组长吕光荣，副组长马逢升、彭泉、杨振邦等。
1985年1月成立了第二届编委会，主任委员戴慧芬，副主任委员苏涟、吕光荣、许子建，委员若干，主编为戴慧芬、吕光荣。1988年4月，学院发文成立了第三届编委会，名誉主任委员戴慧芬，主任委员宣明盛，副主任委员苏涟、管鹏声、李梦华，委员若干；云中党字文件任命马逢升为学报编辑室主任、主编，吴家骏为副主任、副主编。
1995年3月，第四届编委会成立，主任委员管鹏声，副主任委员杨荣辉、金鸿猷、马逢升，委员若干。
1998年5月学院发文成立了第五届编委会，主任委员吕光荣，副主任委员李庆生、马逢升，委员若干。
2003年5月，云中院字[2003]53号文决定成立第六届编委会，编委会主任由郑进副院长担任，主编毕云，常务编委12人，编委及特邀编委共31人，他们是：万启南、马维鹏、毛小平、王兴文、王志红、毕云、朱兆云、朱虹江、刘虹、刘楚玉、陈文慧、何兰茜、吴永贵、张运、郑进、林青、杨树德、高中祖、高崇昆、钱子刚、秦国政、袁嘉丽、梁兵、梁晓鹰、淤泽溥、楚更五、潭宁华、管遵惠、熊磊、马逢升和杨国祥。
2006年11月13日，云中院字[2006]70号文决定成立第七届编委会，编委会主任由郑进副院长担任，编委会副主任：熊磊教授、毕云教授，主编：毕云教授，常务编委13人，学报编辑委员会委员共35人：郑进、熊磊、毕云、袁嘉丽、楚更五、陈文慧、秦竹、武煜明、林青、张庆芝、杨树德、马云淑、王兴文、钱子刚、熊丽娟、彭江云、朱虹江、和平、万启南、林忆平、张春和、张云洲、淤泽溥、刘虹、岳胜难、李平、李冬梅、李雷(附三院，主任医师)、吴勇(附四院，主任医师)、杨本雷(楚雄州中医院，主任医师)、林艳芳(西双版纳州中医院，主任医师)、朱兆云（云南省药物研究所，主任药师）、王真（云南白药集团，主任药师）、徐树光（昆明制药集团，高级工程师）、邱明华（中科院昆明植物研究所，研究员）。
学报创刊以来，在几代编委会的共同努力下，办刊质量及办刊水平逐渐提高，逐渐受到同行的认可，在国内有一定影响力。 近年来获得的荣誉有：
2004年9月23日教育部科学技术司“2004年全国高校优秀科技期刊评比”中，获得优秀编辑出版质量奖。
2004年被确定为国家科技部“中国科技论文统计源期刊”（中国科技核心期刊）。
2006年再度被评定为中国科技核心期刊。
2006年10月在首届中国高校精品•优秀•特色科技期刊奖评比活动中荣获“首届中国高校特色科技期刊”奖。
2006年在云南省新闻出版局科技期刊评比中获“优秀栏目”奖。
第六届编委会成立以来，我们在学报的版式、版面上作了一些调整，在封二介绍我院的名老中医（从已故的四大名医开始），在封三宣传我院的重点实验室和二级学院；为了不断提高办刊质量，改善办刊条件，我们调整了版面费的收费标准；为了更好地扩大我刊的影响力和发行量，加强学报的学术性，突出云南中医药特色，我们向省内外的作者、读者，有关专家学者等发放了学报工作的问卷调查表，根据调查表的启示，我们进行了相应的工作调整，并重点对学报的栏目进行了调整；2003年第2期开始，我们实行了所有稿件编委审稿制和每期采用稿件的常务编委会审稿定稿制，充分发挥了编委及常务编委的学术把关作用，在严把刊用稿件的论文质量方面起到了积极的作用。
目前，我院《学报》被《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国科学引文数据库》、《中国期刊网》、《中国学术期刊（光盘版）》、《中文科技期刊数据库》、《万方数据库》等十多家权威检索期刊和数据库收录。
2006年，《学报》结束了创刊28年以来“季刊”的历史，顺利改为双月刊；2007年，在2006年56页的基础上增加为72页。
据清华大学统计分析，2004年度《学报》影响因子0.143；2005年度上升为0.262，06年与05年持平。
